1、丙烯酰胺凝膠電泳可用做蛋白質(zhì)純度的鑒定.聚丙烯酰胺凝膠電泳同時具有電荷效應(yīng)和分子篩效應(yīng)，可以將分子大小相同而帶不同數(shù)量電荷的物質(zhì)分離開，并且還可以將帶相同數(shù)量電荷而分子大小不同的物質(zhì)分離開。其分辨率遠遠高于一般層析方法和電泳方法，可以檢出10-9～10-12g的樣品，且重復(fù)性好，沒有電滲作用。

2、DS聚丙烯酰胺凝膠電泳可測定蛋白質(zhì)分子量.其原理是帶大量電荷的SDS結(jié)合到蛋白質(zhì)分子上克服了蛋白質(zhì)分子原有電荷的影響而得到恒定的荷/質(zhì)比。SDS聚丙烯酰胺凝膠電泳測蛋白質(zhì)分子量已經(jīng)比較成功，此法測定時間短，分辨率高，所需樣品量極少（1～100μg），但只適用于球形或基本上呈球形的蛋白質(zhì)，某些蛋白質(zhì)不易與SDS結(jié)合如木瓜蛋白酶，核糖核酸酶等，此時測定結(jié)果就不準確。

3、聚丙烯酰胺凝膠電泳可用于蛋白質(zhì)定量。電泳后的凝膠經(jīng)凝膠掃描儀掃描，從而給出定量的結(jié)果.凝膠掃描儀主要用于對樣品單向電泳后的區(qū)帶和雙向電泳后的斑點進行掃描。

4、瓊脂或瓊脂糖凝膠免疫電泳可用于①檢查蛋白質(zhì)制劑的純度；②分析蛋白質(zhì)混合物的組分；③研究抗血清制劑中是否具有抗某種已知抗原的抗體；④檢驗兩種抗原是否相同。